盒马鲜生为阿里巴巴旗下贩卖生鲜食品子公司，有网络和实体店，主打网购时的高速高卫生冷藏运输之物流能力。

盒马鲜生的实体店主打高科技新零售概念，所有商品标签都是采用电子纸，可以透过扫码的方式进一步了解商品资讯。还有无人自动结账机台。盒马鲜生强调可以在超市附近网上下单，在30分钟内送到，为此天花板上装有机械轨道运作半自动捡货柜，店中顾客可以看到网上顾客的订单下订后店员匆忙地捡装，之后放入机械轨道的送货篮打包物流，预计未来要往全机器人模式开发。2018年时其店内附属餐厅已经尝试使用半机器人送餐。

而商店运营极度融合于手机APP，即使人就在店中多数动作也与盒马APP有关，让线上线下的观念逐渐模糊融合。

2018年，盒马鲜生与岁宝百货合作，在岁宝百货旗下的分店开设分店，而岁宝百货原超市业务（包括smart超市）亦陆续结业。

2020年9月28日，盒马鲜生对外宣布，旗下“X会员店”将于10月1日在上海浦东森兰商都中心开出首家店面，这是盒马首个线上线下一体化运营的会员店铺。同时推出自有品牌“盒马MAX”。

2018年3月，有市民在盒马鲜生的上海湾店以90元人民币一斤的价格，购买了3只绑有橡皮筋的梭子蟹，总共支付232元。但她回家后发现，其橡皮筋重量达1斤，占售价232元中的120元。事后涉事门店的负责人表示，捆绑橡皮筋是为了避免店员和消费者在挑拣梭子蟹时被夹伤，属于“行规”。不过市场监管部门指出，将橡皮筋按照梭子蟹的价格计算，既不合理也不合法。对此盒马鲜生首席执行官侯毅表示“接受批评”，同时盒马鲜生决定“螃蟹一律无绳售卖，安全原因必须有绳的，按只或者按净重卖；二是水产装袋后，袋子剪角去水后再称重”。侯毅更表示“但凡是没做到的，现场直接奉送”。

2018年余女士网购盒马鲜生一些菜品回家下厨，吃完后据其描述就像是电视剧中喝了毒酒一样，瞬间人就眼冒金星无法站立，头撞橱柜后倒在床上，半夜开始腹痛至极点，忍到第二天去医院检查发现与韭菜中毒情景类似但由于症状逐渐好转，本人也未同意做抽出胃容物等大动作检查，医院无法下定论只做出症状治疗。后余女士再买一包同等韭菜当样品并爆料媒体介入，浙江电视台6频道《1818黄金眼》追踪此事件并送检两家机构，检测发现农药腐霉利超标四倍，与盒马鲜生主打的生机无农药、无隔夜菜，全靠科技物流能力保证新鲜的说法不符，业内菜商专家也表示9月是夏季韭菜虫害高发期，真正9月份无农药韭菜必然是卖相难看有黑点和一堆虫洞，否则必然打有农药。

事发后盒马鲜生店面动用保安阻挡记者采访，只说由公关统一回应，事后向余女士登门道歉并赔偿600多人民币医药费和2000元补偿金，并表示该供应商产品全部下架。事后记者访查发现目前盒马所卖韭菜分量减低并涨价，大约可以折算比前一家供应商贵了一倍，但依然是卖相光鲜毫无虫洞。

2018年7月8日新华社报导一则贴文在网上热传，指责盒马鲜生招聘存在地域歧视。从网友发布的聊天截图来看，她在联系盒马北京分公司招聘田经理刚说出自己是北京本地人后，田经理便回复了一句：“我们不要本地人，抱歉。”在追问下田经理解释道：“北京人有钱”“我们用不起”在随后的聊天中，田经理还写道“你们北京人我们一律不要。”此文迅速登上微博热搜并引爆一波北京网友串连拒买。

之后盒马官方微博回应称从未把地域作为招聘员工的要求，事实上北京盒马有22%的员工是北京本地人，被投诉招聘方是第三方劳务公司之一力伟公司的兼职经理不是盒马直属人员。并保证面试公正、暂停与力伟公司的一切合作，并“为低级行为道歉”。

2018年11月15日，上海市民方先生在盒马鲜生大宁店购物时，发现工作人员正在更换胡萝卜外包装的日期标签，原先标签日期为11月9日、10日、11日的胡萝卜，换成了11月15日的标签。方先生随即向门店负责人反映，称是工作人员在工作流程上有违规操作，自行打印了标签，之后方先生向静安区市场监管局进行举报。16日，静安区市场监管局接到市民方先生在12331及12315的举报后，执法人员前往盒马鲜生大宁店进行现场检查。该店负责人承认店员违规操作，截至11月14日涉事产品累计销售107盒，库存剩余73盒，随后当即要求负责人对门店所有自制标签的涉事产品进行下架封存。18日，盒马鲜生通过官方微博回应称该公司将在全国范围内开展门店自查，并会在一周内修订完成更细致的操作标准。该公司同时指出，事件暴露了管理的漏洞，应由管理团队而非一线员工承担责任，取消对当事员工的处罚。21日，盒马鲜生CEO侯毅就此事公开致歉，同时宣布免去上海区总经理职务。

在盒马鲜生发生更换外包装日期标签事件半个月之后的12月1日，有网友在微博上爆料称在盒马鲜生上海金桥店购买了两听丽尔泰椰浆，到家后发现该商品已经过期两个多月。对此阿里巴巴官方客服在该微博下留言表示，此行为属于盒马方面的责任，并提出“十倍赔偿”的方案。但网友对盒马鲜生的做法表示不满意，之后网友就此事向相关部门反映。