政府旗（英语：State flag）代表国家政府的旗帜，是一种国旗的变体设计，或是完全不同设计的旗帜，由法律指定和限制仅供政府及其机构使用，是政府使用的国旗，有时被称为官方旗（government flag）。

旗帜学将代表国家的旗帜分为6种，分别是代表民用、政府、军事的陆地旗和海上旗各3种；旗帜学者在理论上认为代表国民的（national）旗帜，才是在国际场合代表国家的旗帜，但实际上在部分国家人民与政府有两种不同旗帜的情况下，也有国家以代表政府的旗帜为正式国旗。

绝大多数国家的政府旗和民用旗是相同的旗帜，但是一些国家的政府旗是国旗的复杂版本，尤其是在拉丁美洲、中欧和斯堪的纳维亚的部分国家，通常是在国旗设计中添加国徽等标志，斯堪的纳维亚国家还使用燕尾旗设计，与民用旗有更明显的区隔。

非军事政府船舶使用的国旗为政府船旗，例如英国政府船使用的蓝船旗。 军队使用的国旗为军旗和军舰旗，军事单位的旗帜为军事单位旗（regimental flag），政府机构的旗帜为政府单位旗（departmental flag）。

以下是少部分国家的国旗有区分为民用旗和政府旗，绿底表示在国际场合代表国家的旗帜（另见国旗列表）。